La mayoría de los peces hallados sin vida en las aguas del río fueron alevines de boga
La mayoría de los peces hallados sin vida en las aguas del río fueron alevines de boga (Pseudochondrostoma polylepis), una especie endémica del noroeste peninsular-especie que sólo es posible encontrar en una zona geográfica muy concreta-. Se trata de un pez que obtiene su alimento a base de la filtración de los lodos del fondo del río, por lo que se es una de las especies más sensibles a la contaminación química, que se va depositando en las zonas bajas del caudal por decantación y que acaba en su organismo.
Otra de las especies endémicas del noroeste peninsular que habitan en el Barbaña es la bermejuela (Achondrostoma arcasii). El caso de este pez es todavía más alarmante, ya que está incluido dentro de la etiqueta de "raro" en el Catálogo Español de Especies Amenazadas, debido a su distribución mucho más restringida por los ríos de Galicia, Asturias o Castilla y León. La Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza también lo cataloga como "vulnerable" a nivel mundial.
Las otras dos especies de pez con presencia importante en el Barbaña son el leucisco (Leuciscus leu- ciscus) y el gobio (Cottus gobio). El primero de ellos es la tercera y última especie endémica existente en las aguas del Barbaña, a las que va a desovar desde el río Miño, mientras que el segundo se trata de una especie que fue introducida en el noroeste de la península. Además, antes de la existencia de presas en el Barbaña, era frecuente encontrarse con truchas o anguilas que subían a desovar.
El caso más notable de deterioro de la fauna del Barbaña es un pequeño topo acuático llamado desmán de los Pirineos (Galemys pyrenaicus). A nivel estatal y europeo, esta especie está considerada en peligro de extinción, algo que ya ha sucedido en el Barbaña en la década de los 90. Este mamífero se alimenta de invertebrados acuáticos de gran tamaño, que fueron las principales víctimas de los vertidos y cuya población tardaría años en recuperarse si el río estuviese en condiciones.
La alta mortandad de los peces en el Barbaña también hizo desaparecer a uno de sus depredadores, el martín pescador (Alcedo atthis), un pájaro de pequeño tamaño especializado en alimentarse de peces que nadan no muy lejos de la superficie. Esta ave, visible especialmente durante los meses de invierno, criaba en el entorno de los ríos Barbaña y Barbañica, pero se ha visto desplazada ante la falta de alimento a otros lugares con menos contamina- ción y mayor regularidad en la población de peces.
