La medicina, en el presente, ya no se limita a la practica clínica y se acerca a la biomedicina. Su futuro esta ligados a todos los principios de las ciencias naturales y a la investigación aplicada en biología, química y física. Médicos e informáticos se acercan, comparten laboratorios e investigan interacciona moleculares para comprender determinados comportamientos del organismo. En las entrañas de las supercomputadoras está la fórmula que permite la creación de un fármaco nuevo, la ecuación que facilitar el diagnóstico precoz de enfermedades y el elemento que permite perfeccionar el tratamiento de estas patologías.
Programadores e ingenieros informáticos se incorporan a los equipos más prestigiosos de investigación sanitaria para ofrecer la solución a problemas biomédicos. Cantan su particular 'eureka' tras horas muchas frente a la pantalla del ordenador, probando simulaciones y realizando cálculos 'y recálculos'. Médicos, pero también químicos y biólogos, han tenido la mano a informáticos y programadores para explorar nuevos campos del conocimiento hasta obtener relevante información sobre moléculas, proteínas o ácidos nucleicos.
La potencia de los ordenadores ha aumentado en los últimos años casi al mismo ritmo que se consolidaban alianzas entre especialistas en bioinformática e investigadores de la rama sanitaria. Moléculas, células y virus interaccionan en las entrañas de potentes ordenadores; las operaciones realizadas por esas supercomputadoras ya no se limitan a ofrecer información estática, sino que avanzan prospecciones, realizan cálculos sobre la movilidad y se atreven a adelantar la capacidad de adaptación. 'Ahora somos capaces de procesar en diez días lo que antes necesitaba ser analizado durante diez años', explica Jorge Amigo, investigador del Cimus, uno de los centros singulares del Campus Vida de las Unversidad de Santiago. 'Los recursos en computación de altas prestaciones y almacenamiento masivo del Centro de Supercomputación de Galicia (Cesga) permiten ahora afrontar ahora la ultrasecuenciación del genoma, cuya próxima finalidad es diagnosticar en cuestión de horas a pacientes con patologías de base genética'.
Una de las beneficiadas de esos avances es la Fundación Pública Gallega de Medicina Genómica, que dirige el catedrático Ángel Carracedo. En pocos años pasó de realizar pruebas para detectar un centenar de enfermedades de origen genético a disparar la efectividad de los análisis del genoma humano para poder identificar más de cinco mil patologías.
CAPACIDAD DE CÁLCULO
'No hay ningún laboratorio que las pueda detectar todas por ahora', aclara Fernando Barros, jefe de laboratorio de la Fundación. 'El diagnóticos genético del futuro pasa por el uso de la tecnología', asegura. Lo dice convencido porque conoce la capacidad de cálculo del Finis Terrae, el cerebro del Centro de Supercomputación de Galicia. El uso de este 'superordenador', con una capacidad de cálculo superior a la de otras computadoras utilizadas hasta ahora, le permite apurar el proceso de diagnóstico hasta límites inalcanzables en tiempos no muy lejanos.
'Antes empezamos los análisis por las patologías más frecuentes, alrededor de 100, pero con el avance de los medios técnicos tenemos la posibilidad de analizar cerca del 85% del conjunto de genes responsables de esas cinco mil enfermedades genéticas gracias a la nueva generación de secuenciadores', explica Barros. 'Es un paso gigantesco y en pocos años se podrán detectar enfermedades asociadas al 15% restante de los genes, pues estamos a las puertas de una tercera generación de secuenciadores de genoma para que puedan hacerse todos los análisis en un único procesos por un precio muy competitivo'.
El ciclo de análisis arranca con la secuenciación del genoma, un proceso que ya está estandarizado, como paso previo al procesamiento de la información; el superordenador Finis Terrae ha transformado los métodos de trabajo gracias a su capacidad para detectar y analizar las enfermedades de carácter genético.
El diagnóstico se ha convertido en un proceso de filtrado, en el que la computadora analiza cantidades ingentes de datos con el objetivo de localizar, entre las 40.000 variantes del genoma que porta cada individuo, cuál es la causa de la patología que padece. Repasa toda la literatura científica y la cruza con las secuencias del genoma de otros pacientes, dificultando en muchos caso las gestión de tanta información.
La Fundación Pública Gallega de Medicina Genómica busca la fórmula para evitar atascos y ha puesto en marcha un proyecto del programa Innpacto, en colaboración con la compañía informática Integromics, para desarrollar filtros de información que permitan localizar rápidamente los datos clínicamente relevantes y confirmarlos con distintas aplicaciones, antes de unificarlos en una sóla herramienta.
FACILITAN EL DIAGNÓSTICO
Las supercomputadoras facilitan el diagnóstico de enfermedades en la medida que permiten mejorar la asociación entre el genoma de los individuos y las patologías con causa genética. Los investigadores han podido comprobar como en los últimos años se ha ido sucediendo notables avances en el procesado de datos genéticos y biomédicos.
Las estrategias de programación evolutiva pueden ser utilizadas para el aprendizaje de estructuras genéticas comunes en un grupo de individuos. El avance de la bioinformática debe a que aplica técnicas muy efectivas, que permiten a los especialistas en genética mejorar la interpretación de una gran cantidad de información genómica.
La potencia de los ordenadores ha aumentado en los últimos años casi al mismo ritmo que se consolidaban alianzas entre especialistas en bioinformática e investigadores de la rama sanitaria. Moléculas, células y virus interaccionan en las entrañas de potentes ordenadores; las operaciones realizadas por esas supercomputadoras ya no se limitan a ofrecer información estática, sino que avanzan prospecciones, realizan cálculos sobre la movilidad y se atreven a adelantar la capacidad de adaptación. 'Ahora somos capaces de procesar en diez días lo que antes necesitaba ser analizado durante diez años', explica Jorge Amigo, investigador del Cimus, uno de los centros singulares del Campus Vida de las Unversidad de Santiago. 'Los recursos en computación de altas prestaciones y almacenamiento masivo del Centro de Supercomputación de Galicia (Cesga) permiten ahora afrontar ahora la ultrasecuenciación del genoma, cuya próxima finalidad es diagnosticar en cuestión de horas a pacientes con patologías de base genética'.
Una de las beneficiadas de esos avances es la Fundación Pública Gallega de Medicina Genómica, que dirige el catedrático Ángel Carracedo. En pocos años pasó de realizar pruebas para detectar un centenar de enfermedades de origen genético a disparar la efectividad de los análisis del genoma humano para poder identificar más de cinco mil patologías.
CAPACIDAD DE CÁLCULO
'No hay ningún laboratorio que las pueda detectar todas por ahora', aclara Fernando Barros, jefe de laboratorio de la Fundación. 'El diagnóticos genético del futuro pasa por el uso de la tecnología', asegura. Lo dice convencido porque conoce la capacidad de cálculo del Finis Terrae, el cerebro del Centro de Supercomputación de Galicia. El uso de este 'superordenador', con una capacidad de cálculo superior a la de otras computadoras utilizadas hasta ahora, le permite apurar el proceso de diagnóstico hasta límites inalcanzables en tiempos no muy lejanos.
'Antes empezamos los análisis por las patologías más frecuentes, alrededor de 100, pero con el avance de los medios técnicos tenemos la posibilidad de analizar cerca del 85% del conjunto de genes responsables de esas cinco mil enfermedades genéticas gracias a la nueva generación de secuenciadores', explica Barros. 'Es un paso gigantesco y en pocos años se podrán detectar enfermedades asociadas al 15% restante de los genes, pues estamos a las puertas de una tercera generación de secuenciadores de genoma para que puedan hacerse todos los análisis en un único procesos por un precio muy competitivo'.
El ciclo de análisis arranca con la secuenciación del genoma, un proceso que ya está estandarizado, como paso previo al procesamiento de la información; el superordenador Finis Terrae ha transformado los métodos de trabajo gracias a su capacidad para detectar y analizar las enfermedades de carácter genético.
El diagnóstico se ha convertido en un proceso de filtrado, en el que la computadora analiza cantidades ingentes de datos con el objetivo de localizar, entre las 40.000 variantes del genoma que porta cada individuo, cuál es la causa de la patología que padece. Repasa toda la literatura científica y la cruza con las secuencias del genoma de otros pacientes, dificultando en muchos caso las gestión de tanta información.
La Fundación Pública Gallega de Medicina Genómica busca la fórmula para evitar atascos y ha puesto en marcha un proyecto del programa Innpacto, en colaboración con la compañía informática Integromics, para desarrollar filtros de información que permitan localizar rápidamente los datos clínicamente relevantes y confirmarlos con distintas aplicaciones, antes de unificarlos en una sóla herramienta.
FACILITAN EL DIAGNÓSTICO
Las supercomputadoras facilitan el diagnóstico de enfermedades en la medida que permiten mejorar la asociación entre el genoma de los individuos y las patologías con causa genética. Los investigadores han podido comprobar como en los últimos años se ha ido sucediendo notables avances en el procesado de datos genéticos y biomédicos.
Las estrategias de programación evolutiva pueden ser utilizadas para el aprendizaje de estructuras genéticas comunes en un grupo de individuos. El avance de la bioinformática debe a que aplica técnicas muy efectivas, que permiten a los especialistas en genética mejorar la interpretación de una gran cantidad de información genómica.
