La Estación de San Francisco se encuentra en las cuestas que suben desde el camino de Castilla al Montealegre, mirando hacia el río Barbaña, a pocos metros del centro de la ciudad. En el lugar que hoy se conoce como Barrio de San Francisco. Se encuentra a 156 metros sobre el nivel del mar, en el kilómetro 959 de la línea férrea de Zamora a Coruña. Ubicada entre las estaciones de Taboadela y Ourense-Empalme, está separada de esta última por el túnel nº 95 y el viaducto del Miño. En los primeros proyectos para la construcción del ferrocarril de Zamora a Ourense ya se contemplaba la construcción de una estación en el entorno más próximo a la ciudad. Hay que tener en cuenta que las primeras ubicaciones de la línea Monforte-Vigo que dieron servicio ferroviario a Ourense se encontraban en lo que entonces se llamaba Concejo de Canedo, hoy barrio de A Ponte, y como la Estación Empalme se iba a emplazar en terrenos próximos a la ya existente, se vio la necesidad de que la capital contase con una propia, que llamaríamos Ourense-Ciudad, aunque también antes de recibir el nombre actual se pensó en denominarla Ourense-San Cosme y finalmente de decidió ponerle el nombre de Ourense-San Francisco por el incipiente crecimiento de este barrio entorno a la estación. El 1 de julio de 1957 fue inaugurada por el entonces jefe del Estado, Francisco Franco, coincidiendo con la puesta en servicio del trozo segundo.
La estación, desde su inauguración hasta hoy, fue perdiendo esplendor. Antes, todos los trenes con destino a la Meseta tenían paradas en ella; hoy solo paran un par de trenes regionales. Un curioso tren que comunicaba San Francisco con la Estación Empalme era el Jaimito, hasta que el Concello instaló la primera línea de autobuses entre el centro de la ciudad y la estación.
El edificio de viajeros se encuentra en un estado deplorable de conservación. Se utiliza como sede de la asociación de vecinos. La Estación de San Francisco contaba con todas las instalaciones comunes a las demás de la línea Zamora-Coruña. El edificio se encuentra enmarcado en un estilo regional muy en voga en los años 1920 y 1930. Tiene forma rectangular y consta de dos plantas. La parte alta está dedicada a vivienda de los empleados. Fue construido por canteros pontevedreses en granito. Los pináculos y el frontón, inspirados en el barroco gallego, dan al edificio un aire de pazo urbano. Cabe destacar dos esculturas de Failde: un afilador y un paragüero, que adornaban los jardines laterales del edificio. Hoy están en los jardinillos que cubren la entrada al túnel.
También hay que enumerar las edificaciones de uso ferroviario común. Para el servicio de los trenes, dispone de seis vías y dos andenes. Para comunicar ambos lados de la estación se dotó de un paso inferior unido a la calle Coruña y a la Serra Martiñá, con unas escalinatas de perpiaño a ambos lados.
Actualmente se construyó un jardín taponando la boca original del túnel de frenado. Perdió para siempre el túnel del estrelladero, de gran interés histórico. Los autores fueron Paco Bouda y Manuel Hernández.
