El jueves 22 de septiembre, el papa iniciaba un tercer viaje, el primero oficial a Alemania, su tierra natal. Realizó una peregrinación llena de gestos políticos y ecuménicos a causa de la grave crisis que sufre la Iglesia, fruto de los escándalos de pedofilia. Este viaje lo realizó a Berlín, Erfur y Friburgo. Pronunció 19 discursos, uno de ellos ante el Parlamento alemán. Abordó uno de los temas prioritarios de su pontificado: otorgar a Dios un lugar central en la sociedad alemana y europea. La visita contó con el boicot de parlamentarios de izquierdas.
Dijo en el Parlamento federal alemán que servir al derecho y combatir la injusticia es el deber fundamental de los políticos. Si se elimina la justicia y el derecho, el Estado se convierte en una panda de bandidos. También dijo 'entender' que los fieles abandonan la Iglesia por casos de pederastia y que en Alemania hemos visto como el poder se separó del derecho, se enfrentó a él y lo pisoteó; el estado se convirtió en instrumento para la destrucción del derecho. Defendió la ecología diciendo que es un viento fresco, es el mensaje de la naturaleza que manda respetar la creación sin manipularla a nuestro antojo.
Concluyó la jornada de Berlín con una misa en el Estadio Olímpico ante 70.000 personas. Fue un baño de multitudes al pontífice en el que volvió condenar la pederastia y dijo que en la Iglesia hay 'peces buenos y malos', 'grano y cizaña'.
La actitud de los alemanes hacia la fe católica quedó reflejada en las estadísticas de la Conferencia Episcopal alemana: desde 1990, el numero de católicos ha caído en un 12,7%, el de feligreses en los templos ha caído un 42,5%; se celebran 58,3% menos de bodas católicas y un 43,1% menos de bautismos. La Iglesia alemana es una de las más ricas e influyentes del mundo, pero se está secularizando a marchas forzadas.
La visita del papa a Alemania se desarrolló con total normalidad, aunque un hombre de unos 30 años hizo cuatro disparos cerca del escenario o altar donde se estaba celebrando la Santa Misa. El portavoz del Vaticano no relacionó este caso con la visita de Benedicto XVI.
Remató la Eucaristía diciendo que la fe en Dios fortalece a los cristianos para oponerse a la manipulación de la vida y se mostró profundamente apenado ante los casos de pederastia que también han salpicado a ese país. Antes de despedirse de Alemania aseguró que la Iglesia se está ocupando de estudiar los casos y resolver las agresiones.
